Po wielkiej wojnie, zakon krzyżacki dotknął wewnętrzny kryzys. Wyzyskiwana ludność była skora do buntu, znalazło to swój wyraz w utworzeniu Związku Pruskiego, skupiającego miasta pruskie, m.in. Gdańsk i Toruń. Jego polityka skierowana była przeciw Krzyżakom, jednakże Zakon nie był w stanie poradzić sobie ze wzrastającą w siłę organizacją, toteż odwoływał się nawet do papieża, który nałożył na Związek ekskomunikę. Nie przeszkodziło to jednak w znacznym stopniu w działaniach antykrzyżackich. Ich kulminacją był wybuch powstania 4 lutego 1454 roku atakiem na zamek krzyżacki w Toruniu i zwrócenie się do panującego wówczas w Polsce Kazimierza Jagiellończyka z prośbą o włączenie Prus do Korony Polskiej. Związek Pruski odniósł niespodziewanym atakiem gigantyczne sukcesy. Łatwo przechodziły w ręce związkowców kolejne zamki krzyżackie.. Wojna wyczerpywała bardziej Zakon niż Polskę. Strona polska wiedząc o kłopotach Zakonu z opłaceniem wojsk zaciężnych w zamian za poddanie zamków uregulowała 190 tys. florenów krzyżackich długów. Dowódca wojsk zaciężnych Ulryk Czerwonka wydał w polskie ręce zamki w Malborku, Tczewie i Iławie (1457). Wielki mistrz zmuszony został do ewakuacji do Królewca. Następne lata to negocjacje i powolne acz skuteczne odbijanie warowni i miast przez Krzyżaków. Udało się im nawet wywalczyć papieską ekskomunikę dla króla polskiego. W 1461 r. Polska zmieniła taktykę prowadzenia wojny. Król odstąpił od pospolitego ruszenia, przeznaczając pieniądze na wojska zaciężne. Dowództwo objął podkomorzy sandomierski Piotr Dunin. 17 września 1462 r. rozbił pod Świecinem zaciężne wojska Fritza Rawenecka. Ostatnią wielką potyczką tej wojny była bitwa morska na Zalewie Wiślanym 15 września 1463 r. 44 statki Krzyżaków zostały rozbite przez 25 statków gdańskich i elbląskich. Wkrótce potem upadł ostatni poważniejszy krzyżacki punkt oporu, jakim był nadwiślański zamek w Gniewie Dnia 19 października 1466 r. podpisano II pokój toruński. Pomorze Gdańskie, Ziemia Chełmińska z Toruniem, Powiśle z Malborkiem i Elblągiem oraz Warmia przypadły Polsce. Zakon poniósł olbrzymie straty ale utrzymał się w Prusach. Z większych miast Krzyżakom pozostał jedynie Królewiec, do którego przenieśli swoją stolicę, oraz ważny strategicznie Kwidzyn. Wielki Mistrz stał się lennikiem króla polskiego, obowiązany był składać mu przysięgę wierności. Nowe nabytki polskie, oprócz Warmii, zaczęto nazywać Prusami Królewskimi, zakonne tereny zwano Prusami Krzyżackimi.

Tom III stanowi kolejny etap realizacji kilkutomowej syntezy historii Gdańska, pierwszej zakrojonej na tak duża skalę i obejmującej dzieje Gdańska od czasów najdawniejszych do najnowszych.

Polska a Europa u progu XV stulecia.
W przeddzień panowania.
Między Wschodem a Zachodem.
Wielki książę Litwy.
Kłopoty z biskupstwami.
Niepokorne Prusy.
Wielkie władztwo Jagiellonów.
...